En vista de que el automotor MAN 592 estaba imponiéndose los técnicos de empresa empezaron a plantearse la mejora de las 54 composiciones TER que quedaban en activo. Solicitaron la ayuda CAF que proponía mejoras en el circuito de refrigeración, en los motores de tracción, en los bogíes y en los circuitos eléctricos. Esta modernización se vio limitada por el presupuesto económico, pero pese a ello en 1985 las composiciones 9718, 9752 y 9759 salieron de los talleres de CAF con un cambio de color en las cajas , con un nuevo sistema de frenado con sistema de disco, en vez de con zapatas y con un cambio en el tamaño de las lunas de las cabinas de conducción.

Una serie de circunstancias desfavorables para los TER fueron acumulándose, la carestía de las reparaciones, la baja capacidad de oferta de los semitrenes, el excesivo número de plazas de primera clase y el óptimo rendimiento de los Man 592. Por todo ello RENFE decidió reducir la serie de 47 a 20 composiciones de semitren. Las bajas de los TER se sucedieron a lo largo de 1987, pese a ello mantuvieron los siguientes gráficos: el servicio internacional con Lisboa; tres relaciones radiales, dos transversales y los recién creados trenes turísticos de fin de semana.

Los trenes turísticos fueron creados por RENFE en 1986 y tenían como punto de partida Madrid. Los TER fueron asignados a estos servicios, en concreto el 9718 fue utilizado para los trenes, ciudad Monumental de Cáceres, el Plaza Mayor de Salamanca y el Ciudad Encantada de Cuenca. En realidad se utilizaron los trenes que habían sido transformados por CAF, repintados y que contaban con servicio de megafonía para las azafatas y para la música ambiental. Posteriormente pasaron a cubrir hasta diez servicios de trenes turísticos hasta que desaparecieron en 1990.

Pero ninguno de los automotores apartados fue desguazado de inmediato. El 9701 fue traspasado al Museo del Ferrocarril y el Rc 9728 y Rc 9737 fueron trasladados a Barcelona y Tarragona para que dos empresas de diseño industrial presentaran un proyecto que permitiera modernizarlo y poder usarlo en servicios de media distancia y regionales de calidad. Los cambios que se hicieron afectaron sólo a la pintura exterior.

Otra propuesta de RENFE fue convertir los 20 trenes TER en diez grupos de cuatro coches convencionales con nueva imagen, guardería, salón mirador y cafetería, con 56 asientos de primera clase y 216 de segunda clase, pero esta modificación tampoco se llevó a cabo.

En 1988 RENFE puso en marcha los denominados trenes Lince que eran unidades de refuerzo para los fines de semana. El TER fue asignado al servicio Madrid-Cáceres.
 

Un año más tarde, en 1989 el TER es suprimido del servicio Lisboa Expreso. El recorrido había ido sufriendo diversos cambios, desde la estación de salida que pasó de Delicias a Atocha y Chamartín, hasta el cambio en el recorrido original que se desvió por la variante del Casar de Cáceres. La demanda en este corredor fue creciendo y a pesar de que la composición del TER era de un tren completo y un semitren y a pesar de las renovaciones de vía, el material TER era una rémora para la calidad de este trayecto y fue sustituido por un Talgo III.

En este mismo año se produce una modificación importante en los servicios a los viajeros del TER, las cocinas de estos trenes se apagaron definitivamente paulatinamente RENFE había ido introduciendo nuevas formas de restauración a bordo, primero con la comida precocinada y posteriormente con la venta ambulante de bebidas y comidas ligeras.

En la década de los noventa se produce un importante cambio en la organización de RENFE que desde el 2 de marzo de 1990 se estructura en once Unidades de Negocio (UN) cada una especializada en un área. La UN de Viajeros-Regionales fue la encargada de gestionar y explotar los electrotrenes 432 y los automotores 592,593 y 597. Los 20 TER que estaban adscritos al depósito de Cerro Negro eran muy costosos por la carestía de su mantenimiento, pero aún así fueron asignados a bastantes servicios lo que ocasionó bastantes incidencias. En 1991 se decidió llevar a cabo una transformación del material del que se hizo cargo la empresa Miró Reig e Ivelsa para los motores. Las modificaciones afectaron a doce composiciones y consistieron en:

• El coche motor perdió el furgón de equipajes y en su lugar se colocaron 10 asientos de primera clase.

• Del coche Rc se sustituyeron los asientos de primera y se colocaron todos de segunda clase para dotar a la composición con un total de 144 plazas de segunda.

• Se suprimió la zona de cocina bar colocando en su lugar máquinas de autoservicio y se habilitaron 16 plazas semisentadas.

• El enganche automático se sustituyó por uno clásico de gancho y usillo y topes normalizados.

• La decoración exterior se renovó con los colores corporativos de Regionales con los laterales blancos y una franja naranja.

En esta modificación cabe reseñar la realizada sobre el TER 9711 que fue encargada al taller de Cerro Negro y al taller de pintura de Madrid-Fuencarral.

Los otros ocho TER que quedaban sin transforman fueron retirados del tráfico paulatinamente según iban llegando al kilometraje establecido, en concreto se trataba de los automotores 9710, 9712, 9713, 9715, 9722, 9742, 9753 y 9757. Por lo tanto en 1993 la UN de Regionales contaba con trece composiciones, doce reformadas y el 9710 depositado en Cerro Negro. Los servicios que tenían asignados eran los radiales que unían Madrid con Soria, Pamplona, Cuenca, Cáceres y Plasencia y el que unía Cuenca con Toledo, el denominado Río Riansares que fue suprimido ese mismo año..