Esta compañía se constituyó en 1858 y estuvo promovida por los hermanos Pereire y su Sociedad General de Crédito Mobiliario Español. Se hizo con la concesión de la línea principal de Madrid hasta Irún y el ramal de Venta de Baños a Alar del Rey. Hasta 1874 no iniciaría su política de expansión con la adquisición del Ferrocarril de Alar del Rey-Santander. En 1878 compró las líneas de Alsasua a Barcelona de la Compañía de los Ferrocarriles de Zaragoza a Pamplona y Barcelona y de Castejón a Bilbao de la Compañía del Ferrocarril de Tudela a Bilbao. En 1884 se hizo con el ferrocarril de Medina-Segovia y consiguió la concesión de la Segovia-Villalba. Un año después, compró las líneas de la Compañía de los Caminos de Hierro de Asturias, Galicia y León y la de Lérida a Tarragona de la Compañía de los Ferrocarriles de Lérida a Reus y Tarragona. En 1886 adquirió el ferrocarril Villalba-San Juan y en 1887 hizo lo propio con la de San Juan de las Abadesas a Selgua. En 1889 la Selgua-Barbastro y en 1890 el ferrocarril Soto del Rey-Ciaño.

A partir de 1890 continuaría su política agresiva de adquisiciones en dura competencia con MZA. En 1891 compró la línea Almansa-Tarragona a la Sociedad de Ferrocarriles de Almansa a Valencia y Tarragona y en 1892 adquirió de la Compañía del Este de España y el ferrocarril Valencia-Utiel. Igualmente, en 1893 compró el ferrocarril Huesca-Canfranc a la S.A. Aragonesa aunque no se concluiría hasta 1929.

La Compañía del Norte fue durante muchos años la mayor compañía ferroviaria española, tanto por el número de sus activos económicos, como por el número de kilómetros en explotación o por el número de trabajadores. En 1941, al igual que el resto de ferrocarriles de vía ancha, pasaría a integrarse en la recién creada RENFE.